Биоразнообразие
Ядро населения слагают горно-таежные виды (красная полевка, восточноазиатская мышь, бурундук, лось, бурый медведь, соболь, росомаха, каменный глухарь, кедровка, заяц-беляк), в горах типично арктические (белая куропатка, зимняк), а также центрально-азиатские виды (снежный баран, горный конек). В прибрежной акватории заповедника встречаются разнообразные ластоногие: морской заяц, кольчатая нерпа, ларга
В долинах рек произрастают тополя и лиственницы с разным сочетанием этих пород, крайне редко к ним подмешиваются два вида ели, далее идут светлохвойные леса из лиственницы, затем - заросли кедрового стланика, которые могут замещаться зарослями ольхи стланиковой, горные лишайниковые тундры и каменистые россыпи. На западном макросклоне хребта Джугджур встречаются сосновые леса
Фауна птиц Джугджурского заповедника сформирована преимущественно представителями восточно-сибирской (ангарской) и охотско-камчатской (беренгийской) фаун и, отчасти, элементами высокогорной и арктической. Наиболее ярко беренгийская фауна представлена в прибрежных к морю районах
Ангарская фауна господствует в светлохвойной и смешанной тайге, генетически постоянно подпитываясь из своего основного ареала через межгорные депрессии. Однако многие широко распространённые виды имеют здесь свои северо-восточные и юго-восточные границы, что заставляет считать этот район неким орнитогеографическим рубежом. Наличие этого рубежа с одной стороны объясняет естественное количественное обеднение населения птиц, за счет снижения численности большинства видов на границах своих ареалов, с другой - приводит к фаунистическому обогащению района за счет естественного смешения здесь представителей различных фаун, северных и южных орнитологических группировок
Два раза в год следуя за миграцией сельди и лосося, вдоль побережья проходят пути миграции самого крупного представителя семейства дельфиновых - косаток, их масса может достигать до 9 т, а одна группировка может насчитывать от 2-х до 40-50 особей
Лисица встречается в долинах крупных рек и на морском побережье, особенно часто следы ее присутствия появляются на берегу моря. Обилие корма (погибшие после нереста лососи, птицы, выбросы моря, мелкие грызуны) и наличие убежищ создают благоприятные условия для этого хищника. Следы пребывания бурого медведя встречаются повсеместно, но особенно излюбленными кормовыми стациями медведя являются берега рек, куда его привлекает обилие легко доступного корма - лосося
В крупных реках - Лантарь и Алдома встречается мальма, кунджа. В ручьях с медленным течением к этим видам добавляется колюшка, а в быстрых ключах шириной более 3 м. появляется и горбуша. Горбуша - самый массовый вид лосося. Ход горбуши начинается с середины июля, при этом горбуша заходит даже в малые ключи, впадающие в море. Также один из самых массовых видов - это кета. В отличие от горбуши заходит на нерест позднее на 10-15 дней и только в крупные реки и их притоки. Нерест кеты продолжается до конца октября. Кунджа и мальма обычные виды, встречается как в больших реках, так и в ключах
На территории заповедника обитание снежного баран в основном приурочено к морскому побережью с крутыми обрывами и участками лугов на склонах
Лось, обычный вид, следы пребывания лося отмечается, в основном, в долинах рек и ключей. Морской берег и крутые склоны он, избегает
В суровых климатических условиях приморской части заповедника нашли условия для своего существования только два вида земноводных - дальневосточная лягушка и сибирский углозуб
