Экосистема
Территория характеризуется как горная страна с преобладанием хребтов альпийского типа. Основной хребет - Джугджур проходит вдоль побережья Охотского моря и является водоразделом бассейновых рек, впадающих в Северный ледовитый океан и Охотское море, достигая высоты до 2000 метров, он делит территорию на две не сходные части прибрежная и континентальная.
Прибрежная часть с муссонным климатом и доминирующей лесообразующей породой - лиственницы даурской и ели аянской, континентальная часть обладает резко континентальным климатом с доминирующей лесообразующей породой - лиственницей сибирской и ели сибирской.
Климат
Климат на территории заповедника в различных частях неоднороден. По климатическому районированию, большая часть территории входит в муссонно-лесную климатическую и отчасти в континентальную лесную Восточно - Сибирскую области.
Климат побережья муссонно - лесной области формируется под влиянием холодного Охотского моря, он умеренно - континентален. Это связано со специфичным режимом циркуляции течений Охотского моря, в котором в течение всей весны и первой половины лета держатся льды.
Холодные ветры со стороны моря препятствуют увеличению температуры воздуха на побережьях, в связи с чем переход суточной температуры воздуха через 5° происходит в конце мая - начале июня. Лето на побережье Охотского моря не только короткое, но холодное и сырое с частыми туманами.
Геологическое строение и рельеф
По схеме физико - географического районирования территория государственного природного заповедника "Джугджурский" относится к Байкало - Джугджурской области. Эта физико - географическая область представляет собой переходную зону между океаническими и континентальными регионами.
Морфоструктуры в ее пределах имеют различный возраст и сложены породами от архея до плейстоцена. Наблюдается закономерное омоложение структур в направлении с севера на юг и с запада на восток.
При этом выделяются две древнейшие области горообразования: на севере - Сибирская платформа, в центральной части - Буреинский срединный массив. В связи с разнообразием и разновозрастностью отраженных в рельефе геологических структур, развитием многочисленных интрузивных массивов, а также вследствие большой расчлененности поверхности, орография региона имеет сложный рисунок.
Гидрография
Гидрографическая сеть государственного природного заповедника "Джугджурский" чрезвычайно сложна и многообразна. Реки захребтовой части заповедника несут воды в Северный Ледовитый океан, а реки прибрежной части впадают в Охотское море.
Горный рельеф придает рекам характер горных потоков с быстрым падением воды, каменистыми руслами, множеством перекатов и резкими колебаниями уровня вод. Во время выпадения сильных дождей, а также в период весеннего половодья при быстром таянии снега, реки становятся бурными потоками, вздуваются, выходят из берегов, смывают речные наносы, несут подмытые деревья, местами образующие большие заторы. При загромождении реки пробивают новые пути, засоряют прежние, смывают острова и образуют новые. Уровень воды понижается очень быстро и в дальнейшем поддерживается за счет стока грунтовых вод и медленного таяния снега в горах.
Реки приморской части, вследствие близости водораздельного хребта к побережью, невелики по протяженности и имеют характер горных потоков с большим перепадом высот. Реки Алдома и Лантарь в нижнем течении проходимы для моторных лодок.
В низовьях поймы этих рек широкие, до 2-3 км, при отливе образуют множество рукавов. В период прилива уровень воды поднимается на 3-4 м, и тогда реки кажутся полноводными, а течение - спокойным. Ледостав рек довольно поздний (около середины ноября) при низком уровне воды. Во многих местах реки промерзают до дна, образуя большие наледи.
В захребтовой части заповедника основу гидрографии составляют р. Челасин, Большой и Малый Комуй. По сравнению с реками приморской части они более спокойные, лишь в половодье течение резко ускоряется, дно каменистое, местами песчаное.
Озера можно разделить на две группы: горные - расположенные в небольших котловинах (обычно провального типа и небольшие по размеру), и долинные - расположенные в речных поймах на первой и второй террасах. Особо следует выделить оз. Антыкан.
Озеро вытянулось вдоль побережья между устьем р. Улкан и полуостровом Нурки на 7 км. Максимальная ширина - 330 м., минимальная - 100 м. Удаление от морского побережья - 200-350 м. Вода пресная. Оно имеет огромное значение для орнитофауны - является одним из основных мест жировки водоплавающих и околоводных птиц.
Морская акватория заповедника площадью 53,7 тыс. га., расположенная в Охотском море, примыкает к его наземной территории.
Охотское море гораздо холоднее других дальневосточных морей. В зимнее время температура поверхностного слоя воды может варьироваться в пределах от -1,8 до +2ºС, летом (август) повышается от +10 до +18ºС. Температура воздуха в период холодов в северной области побережья составляет от -14 до -24ºС. Ниже поверхностного слоя, на глубинах около 50-150 метров находится промежуточный холодный слой воды, температура которого не изменяется в течение года и составляет около -1,7 °C. Солёность поверхностных морских вод составляет 32,8 - 33,8 ‰.
Охотское море обеспечивает связь между северной и южной областями Дальнего Востока, а также между материковой частью России, островом Сахалин и полуостровом Камчатка. Тем не менее его никак нельзя назвать благоприятным для судоходства: холодный сезон здесь может длиться до 220 дней, с наступлением зимы в северной части море покрывается льдом.
